Самарский филиал был преобразован в Самарское Унитарное дочернее предприятие по закупке и транспорту газа 5 августа 1997 года. Самарское УДП было преобразовано в Самарский филиал по транспорту газа 25 апреля 2000 года.
В инфраструктурную сеть Самарского филиала входит Новокуйбышевский ремонтно-испытательный пункт, Пункт ремонта вагонов, Пункт подготовки контейнеров-цистерн, Газонаполнительный пункт, а также четыре эксплуатационных участка: Новокуйбышевский, Отрадненский, Сызраньский, Зайкинский.